پس از تبعید حضرت امام(ره) در 13 آبان 1343 ش به ترکیه، رژیم پهلوی عصر همان روز، فرزند ایشان سید مصطفی را نیز دستگیر و روانه زندان قزل قلعه تهران نمود.
انعکاس این دو خبر، شهرهای قم، مشهد و تهران را به حالت تعطیل درآورد و در بسیاری از شهرها تظاهرات به راه افتاد.
رژیم برای آرام کردن مردم، سید مصطفی خمینی را پس از 57 روز حبس، در 8 دی ماه 1343 آزاد کرد و از او خواست بدون سروصدا به قم برگردد! اما ورود ایشان به قم، مورد استقبال پرشور مردم قرار گرفت و ملت انقلابی، ایشان را تا خانه همراهی کردند.
این امر موجب وحشت دوباره رژیم شد.
بنابراین، به گونه‌ای وحشیانه ایشان را از خانه‌شان دستگیر و در 13 دی ماه به ترکیه تبعید کرد.