در حالی که جمهوری اسلامی ایران درگیر جنگی نابرابر و تحمیلی از سوی رژیم بعثی و حامیان استکباری صدام بود، جاه‌طلبی‌های بنی‌صدر و اختلافات و کارشکنی‌های وسیع او با دیگر قوای کشور، اوضاع داخلی را آشفته می‌کرد.
سرانجام این کارشکنی‌ها موجب رای مجلس شورای اسلامی به عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر به عنوان رئیس جمهور و عزل وی از سوی حضرت امام خمینی(ره) گردید.
پس از عزل بنی‌صدر، براساس اصول ??? و ??? قانون اساسی، شورای موقّت ریاست‌جمهوری با شرکت محمدعلی رجایی(نخست‌وزیر)، آیت‌اللّه بهشتی (رییس دیوان عالی کشور و رئیس شورای عالی قضائی) و هاشمی رفسنجانی (رییس‌مجلس شورای اسلامی) تشکیل شد تا وظایف و مسئولیت‌های ریاست‌جمهوری را موقتاً برعهده گیرد.
در اولین جلسه این شورا که در شامگاه سه‌شنبه دوم تیرماه برگزار گردید ضمن رسیدگی به امور جاری کشور، مقرر گردید در روز دوم مردادماه انتخابات دومین دوره ریاست‌جمهوری برگزار گردد.
اما در حالی که کشور مهیای دومین انتخابات ریاست جمهوری می‌شد حوادث تلخی چون ترور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای-نماینده وقت حضرت امام در شورای عالی دفاع و امام جمعه تهران- و سپس واقعه هفتم تیر رخ داد.
(تصویر؛ عیادت شهید رجائی از حضرت آیت‌الله خامنه‌ای)
چند روز بعد امام خمینی(ره) در دیدار خانواده‌های شهدای واقعه ? تیر، به انتخابات ریاست‌جمهوری اشاره کردند و فرمودند: «مایک سیلی خوردیم.
از اشتباه، ما همه این نابسامانی‌ها را که الان داریم برای این‌که اشتباه‌کردیم، نباید اشتباه تکرار بشود؛ دنبال این باشید که یک نفر صددرصد مکتبی، اسلامی، در خط اسلام، برای ریاست‌جمهوری انتخاب کنید.
»
در این انتخابات 71 نفر به عنوان داوطلب ثبت نام کردند.
در دومین دوره انتخابات، شورای نگهبان که کار خود را از تیرماه 1359 آغاز کرده بود، برای نخستین بار کار بررسی صلاحیت نامزدها و نظارت بر انتخابات ریاست‌جمهوری را انجام داد و در نتیجه بررسی سوابق داوطلبان با انتشار اطلاعیه‌ای در تاریخ یکشنبه 21 تیر 1360 چهار نفر یعنی آقایان علی‌اکبر پرورش، محمدعلی رجایی، عباس شیبانی و حبیب‌اللّه عسکراولادی را واجد صلاحیت ریاست‌جمهوری عنوان کرد.
شهید رجایی، طی اطلاعیه ای رویکرد تبلیغاتی خود را مردمی و در نتیجه متفاوت با تبلیغات انتخاباتی نظام‌های سرمایه‌داری توصیف کرد.
وی در مدت تبلیغات انتخاباتی، تنها در یک‌برنامه تلویزیونی که هر نامزدی فرصت داشت، برنامه‌ها و دیدگاه‌های خود را اعلام کند، شرکت جست و گفت: «به یاری خدا به عنوان مقلد امام(ره)، فرزند ملت، هماهنگ‌کننده سه قوه برای‌پذیرفتن مسؤولیت جدید آمادگی خود را اعلام می‌کنم.
.
.
من‌چه آن موقعی که با نهضت آزادی ایران همکاری می‌کردم و چه اینک که در خط‌امام(ره)، مستقل از هر جمعیت و گروهی که رهبری امام(ره) را به عنوان مرجع‌تقلید قبول ندارد.
.
، فعالیت می‌کنم، دقیق بودم که این مردم در رابطه با مرجعیت حرکت می‌کنند، باور می‌کنند، سرمایه‌گذاری می‌کنند و آرمان‌های‌اصیل خودشان را دنبال می‌کنند.
.
.
، من که به خاطر مذهبی بودن نهضت‌آزادی ایران در آن گروه فعالیت کردم، همیشه معتقد بودم که این مردم بزرگترین عنصرشان، عنصر رهبری مذهبی است و در مرجعیت خلاصه می‌شود و تبلور پیدا می‌کند؛ چون این اعتقاد را داشتم و دارم خودم را فرزند ملت می‌دانم.
.
.
امیدم این است که نظام اسلامی در این جامعه پیاده شود.
امیدی که شاید از سنین ? سالگی که به مدرسه رفتم با مسجد آشنا شدم، همیشه‌آرزو می‌کردم که آن‌چه که این گویندگان مسلمان می‌گویند و تصور می‌کنند از یک جامعه اسلامی، هر چه زودتر در ایران و جهان پیاده بشود.
نظام اسلامی‌که قادر هست در تمام ابعاد بشریت را اداره کند آن نظام را از لابلای اصول قانون‌اساسی بیرون بیاوریم و به کمک همدیگر پیاده کنیم.
.
.
»
در نهایت در این انتخابات از مجموع 14 میلیون و 722 هزار رای ماخوذه، شهید رجایی با کسب حدود 13 میلیون رای به عنوان دومین رییس جمهور انتخاب شد.
شورای نگهبان در دهم مرداد 1360 صحت‌انتخابات را تأیید کرد.
روز یازدهم مرداد همزمان با عید فطر در حسینیه جماران، امام خمینی(ره) حکم‌ریاست‌جمهوری رجایی را تنفیذ کردند.
(تصویر؛ مراسم تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری شهید رجائی، در این مراسم حضرت آیت‌الله خامنه‌ای نیز بنا بر نظر حضرت امام(ره) حضور یافتند.
این برای نخستین‌بار بود که معظم‌له پس از حادثه ترور 6 تیر 1360 توانسته بودند در یک مراسم رسمی حضور یابند.
)
شهید رجائی در 12 مرداد ???? در مجلس، مراسم‌تحلیف را به جا آورد و رسما به عنوان رئیس جمهور خدمت خود به جامعه اسلامی را پی گرفت.
طول مدت ریاست‌جمهوری این شهید والامقام، کمتر از یک ماه بود و آن بزرگوار در هشتم شهریور 1360 همراه با دکتر محمد جواد باهنر-نخست وزیر- طی حادثه‌ای تروریستی در دفتر نخست‌وزیری به درجه رفیع شهادت نائل آمد.