مهم‌ترین واقعه پس از ورود امام خمینی(ره) به ایران، انتخاب مهدی بازرگان به عنوان رییس دولت موقت بود.
(برای آشنائی با سوابق و اندیشه‌های بازرگان به تقویم شماره (71) 28 دی 1389مراجعه شود.
)
در پی جلسه اعضای شورای انقلاب، به پیشنهاد اعضا و موافقت حضرت امام(ره)، مهندس مهدی بازرگان، رهبر نهضت آزادی، به ریاست دولت موقت انقلاب اسلامی انتخاب شد و مأمور تشکیل کابینه گردید.
امام در حکم انتصاب مهندس بازرگان، تصریح نمودند که اعضای دولت موقت بدون در نظر گرفتن وابستگی حزبی و بر اساس صلاحیت و کفایت و توانایی برای اداره امور انقلاب انتخاب شوند.
ولی بازرگان برخلاف تأکید امام، همه وزرای کابینه را از میان لیبرال‌ها و ملی‌گرایان برگزید.
سیاست هیئت دولت موقت در طول 9 ماه کار خود، در چندین مسأله از جمله: تأکید بر کلمه جمهوری اسلامی، مجلس خبرگان قانون اساسی، پاک‌سازی عناصر فاسد و طاغوتی و جایگزینی افراد صالح و نیز برخورد با ضد انقلاب، سلطنت‌طلب و تجزیه‌طلب‌ها و برخی موارد سیاست خارجی، با رهنمودهای حضرت امام(ره) منافات داشت.
تا این که اعضای دولت موقت در 15 آبان 1358، پس از تسخیر لانه جاسوسی آمریکا در تهران، به صورت دسته‌جمعی استعفا دادند.
بررسی اسناد لانه جاسوسی و افشای ارتباطات گسترده برخی از اعضای دولت موقت با شبکه جاسوسی آمریکا نشان داد که استعفای دولت موقت نوعی فرار از مسئولیت بود.
اندکی بعد از استعفای دولت موقت، اولین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در پنجم بهمن 1358 برگزار گردید.
حضرت امام(ره) مدت‌ها پس از استعفای بازرگان چندین بار در سخنرانی‌های خود گفتند: انتخاب بازرگان اشتباه بود و من قلباً راضی به این امر نبودم.